用于集约化畜禽养殖业。但饲料中添加的重金属元素和抗生素不能在动物体内完全吸收代谢，大部分以“原形”随粪便、尿液排泄出来，畜禽粪便中铜、锌、砷等微量元素和抗生素的含量与饲料中这些元素和物质的含量直接关联。动物肠道微生物中自然含有较高丰度和多样性的ARGs，抗生素的使用有可能促进ARGs在动物肠道中的丰度或多样性。
  为了达到以畜禽粪便为原料制造的商品有机肥的安全施用，除了从源头上控制养殖饲料中重金属元素和抗生素的安全添加量外，另一个有效途径就是在畜禽粪便农用之前，对其进行处理，最大限度地去除或者安全转化畜禽粪便中的重金属和抗生素与ARGs。高温好氧堆肥处理是畜禽粪便无害化和资源化的有效途径，其目的是使堆肥原料中不稳定的有机物通过高温好氧发酵而逐步降解和转化为性质稳定、对作物无害并可改良土壤的堆肥产品。
  在堆肥过程中，重金属不能被微生物降解，可降解有机物在微生物作用下分解和合成稳定的腐殖质及挥发性物质，从而导致堆肥物料的总质量下降，重金属含量相对浓缩。普遍认为堆肥中重金属总量不能准确地反映重金属的潜在环境影响，而重金属的生态环境效应与其生物有效性密切相关，重金属的化学形态比其总量更值得关注。堆肥过程对于多种重金属元素表现为钝化作用，这是因为堆肥过程是有机物料在物理化学与微生物作用下共同完成，是一个复杂的动态好氧发酵过程，有机物经过快速分解和转化，逐步形成复杂而又稳定的腐殖质类物质，这些物质能够与重金属元素发生螯合反应，有效结合、钝化这些元素，如堆肥处理后交换态铜、锌的含量和分配率均降低，说明好氧堆肥对重金属具有一定的钝化作用，使重金属生物有效性降低。
  对有机肥的施用应该考虑其中的重金属含量、有机肥施用量和土壤年最高承载量，因为重金属具有累积性，长期施用会在土壤中积累，而具有超出土壤容量的风险。尽管土壤自身是抗生素和ARGs的丰库，但我们也需要重视通过有机肥施用引入土壤中的抗生素和ARGs的环境风险。从源头减少重金属、抗生素和ARGs进入养殖业是防范有机肥施用带来环境风险的重要措施，我国目前已有相关规定如饲料添加剂安全使用规范，关于兽用抗生素的使用量和使用种类的规定〔《中华人民共和国兽药典（2015年版）》和《兽药质量标准（2017年版）》〕等来保障有机肥原料的安全。另外，开展有机肥质量控制标准、堆肥工艺参数优化和标准化的研究，对于指导有机肥料的安全生产和施用也非常重要。